宇宙からの侵略者エイリアン帝国は巨大なエイリアン獣を武器に地球人に宣戦布告を開始する。光資源研究所の青島博士はエイリアン獣に対抗するために巨大なロボット兵器マシンセイザーを開発しエイリアン帝国と戦っていた。しかし日に日に強大になっていくエイリアン獣に対抗するためにはマシンセイザーの強化ユニット「マシンブースター」を合体させる必要があった。そのためにマシンブースターのパイロットをアメリカから呼び寄せる事になったのだ！ある日ケイスケの弟幸一がエイリアン帝国の戦闘員に襲われているところに謎の美女が現れるそれこそマシンブースターのパイロット浅岡ミリヤだったのだ！ その頃街はエイリアン獣に攻撃を受けていた、ケイスケは早速マシンセイザーで出撃するが、それはエイリアン帝国の罠だったのだ！ケイスケが戦っているうちにマシンセイザーの本部に攻撃を加えるエイリアン帝国！ そのうえミリヤのセイザースーツには重大な欠陥があったのだ！果たしてミリヤはマシンブースターに搭乗しマシンセイザーと合体する事ができるのか！
